국립생태원 생태조사연구실 보호지역연구팀에서는 2014년부터 특정지역 정밀조사를 환경부 수탁과제로 생태·경관보전지역 정밀조사, 생태·경관우수지역 발굴조사, 전국 해안사구 자연환경조사, 전국 무인도서 자연환경조사, 독도생태계 정밀조사, 특정도서 정밀조사, 백두대간보호지역 생태계조사, DMZ일원 생태계조사 등을 수행하고 있다. 조사분야는 지형·경관, 식생, 식물상, 육상곤충, 양서파충류, 조류, 포유류, 어류, 저서성대형무척추동물 등이 기본적으로 조사되며, 생태계 특성을 고려하여 가감되어 수행되고 있다.

각 조사는 공간적인 범위와 대상은 다르지만 지형, 식생, 동·식물상 등의 조사를 통해 생태계 기초자료를 확보하고 보호지역의 지속적인 보전·관리방안 마련, 정책수립에 활용 등을 목적으로 수행되고 있다. 또한 지형, 경관, 식생이 우수하거나 희귀 동·식물이 서식하는 등 생태계가 우수한 지역은 보호지역으로 지정 건의하여 국가보호지역 확대에 기여하고 있다.